Temas básicos de Bioquímica y Biología Molecular

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Índice completo de apartados en esta página (se abre en ventana aparte)



Estructura y función de las biomoléculas

Generales

Estructura del agua (Univ. Islas Baleares)

Fuerzas intermoleculares (Pilar Roca, Univ. Islas Baleares)

Tutor de Química  (The Biology Project, Univ. Arizona). Bases de química para entender las estructuras biomoleculares; enlaces químicos y fuerzas de unión; química del agua; una introducción a las moléculas orgánicas.

Ejercicios del Tutor de Química (The Biology Project, Univ. Arizona). Ejercicios guiados para comprender las propiedades químicas de los elementos que forman las biomoléculas y los enlaces que las conforman; la importancia de las propiedades del agua en el mantenimiento de estas estructuras; la importancia de las reacciones red-ox en biología; la solubilidad de los lípidos y la presencia de isótopos.

Ejercicios de Moléculas Grandes (The Biology Project, Univ. Arizona).Ejercicios guiados para aprender a identificar las biomoléculas, reconocer los enlaces que las conforman y los que colaboran en la unión de monómeros para la formación de macromoléculas y polímeros biológicos, especialmente péptidos y proteínas.

Estereoquímica (Colby College, Maine). Ejercicios para entender los conceptos quiral, aquiral, meso, enantiómeros, diastereómeros,...

pH (John Kyrk) [requiere Shockwave]

Comités de nomenclatura bioquímica (IUPAC-IUBMB).

Estructura y propiedades del agua líquida (Martin Chaplin, London South Bank Univ.). Incluye hidrocoloides, entre ellos agar, alginato, arabinoxilano, carragenano, celulosa, gelatina, glucano, goma arábiga, goma guar, pectina, almidón, goma xantano...



(Véase también la sección Modelos moleculares en el menú principal)

Glúcidos

su metabolismo
Estructura y función de los glúcidos; incluye ejercicios  (Aula Virtual, Univ. Murcia)

Estructura y función del glucógeno   (Enrique Villar, Univ. Salamanca)

Visor de monosacáridos. J. Maber, Univ. Leeds, U.K. Fórmulas de Fischer con modelos moleculares compactos de todos los monosacáridos; se puede obtener el nombre seleccionando la estructura y viceversa; se puede seleccionar por aldosa/cetosa, 3 ó 6 átomos de carbono y cambiar la quiralidad de cualquiera de los átomos. Dibujo animado que muestra cómo se obtienen las proyecciones de Fischer a partir del modelo tridimensional.

Examen de carbohidratos y lípidos  (Uniformed Services University)

Estructura de glúcidos (KUMC Medical Biochemistry; Univ. of Kansas Medical Center) presentación en diapositivas-web

Recopilación de recursos web (Science) Carbohydrate Chemistry & Glycobiology

Nomenclatura (IUPAC/IUBMB): Recomendaciones

Estructura y función de polisacáridos (Biochemistry BCHM 331; Dr. Henry Jakubowski, CSB/SJU)

La estructura correcta del glucógeno y errores en los libros de texto

Estructura y propiedades del agua líquida (Martin Chaplin, London South Bank Univ.). Incluye estructura de hidrocoloides, entre ellos agar, alginato, arabinoxilano, carragenano, celulosa, gelatina, glucano, goma arábiga, goma guar, pectina, almidón, goma xantano... Hidratación de polisacáridos.


Lípidos

su metabolismo   membranas
Estructura y función de los lípidos; incluye ejercicios  (Aula Virtual, Univ. Murcia)

Modelo molecular tridimensional e interactivo (Chime) de la estructura de una bicapa lipídica (Univ. Alcalá). Entra en la sección Biomodel-2. Si estás en BioROM, está incluido aquí [sección Biomodel]

Los aceites de oliva, tipos y características: divulgativo, no bioquímico  (Javier Melgares). Muy completo

Conceptos básicos de lípidos. Lipoproteínas y su metabolismo.  (Tomás Valdés González)

Examen de carbohidratos y lípidos  (Uniformed Services University)

The World of Membrane Lipids (Lesa Beamer, Univ. Missouri-Columbia)

Lipoproteínas: véase KUMC en Metabolismo de lípidos


Membranas biológicas

Transporte a través de membranas (Prof. Javier Corzo, Dep. de Bioquímica y Biología Molecular, Univ. de La Laguna) Si estás en BioROM, está incluido aquí [sección Transporte de membrana]


Aminoácidos

su metabolismo
Estructura (Roolpi, Univ.Islas Baleares) [requiere Chime] Si estás en BioROM, está incluido aquí [sección Roolpi: Estructura de Biomoléculas: Aminoácidos]

Estrucutura y propiedades (Institute of Chemistry, Dept. Biology, Chemistry, Pharmacy, Freie Universität Berlin). Nombre, abreviaturas de 3 y 1 letra, fórmula molecular, lineal y tridimensional, modelo molecular interactivo, masa molecular, punto isoeléctrico.

Información de aminoácidos (R.C.Beavis & D.Fenyo), dentro de un curso de modelización mediante homología (G.Vriend, BioComputing Unit, EMBL). Estructura química, modificaaciones postraduccionales, grupos protectores, accesibilidad al disolvente, clasificaciones químicas, escalas de hidrofobicidad, volumen y área de la molécula, pKa, solubilidad, densidad, pI, enlaces de hidrógeno, geometría del enlace peptídico.

Examen de identificación de aminoácidos, con las moléculas en 2D o en 3D (para 3D se necesita el programa Chime).

Otro examen de identificación de aminoácidos (Univ. Estocolmo) [requiere Chime]

Estructura  (John Kirk) Dibujo animado interactivo [requiere Flash]

Estructura comentada y acompañada con modelos moleculares (N. Boxall, J. Tweedie, Massey Univ., Nueva Zelanda) [requiere Chime]:




Estructura del enlace peptídico (Roolpi, Univ.Islas Baleares) [requiere Chime] Si estás en BioROM, está incluido aquí [sección Roolpi: Estructura de Biomoléculas: Proteínas]

Enlace peptídico (John Kirk): Dibujo animado [requiere Flash]

Principios de estructura de proteínas usando internet: estructura primaria - los aminoácidos (Birkbeck College). Muy completo.
 


Proteínas

su metabolismo
La Estructura de las Proteínas (Rogelio Rodríguez-Sotres, Univ. Nacional Autónoma de México). Aminoácidos; Enlace peptídico; Anatomía de una proteína; Fuerzas básicas; Estructura secundaria; Estructura supersecundaria; Dominios; Estructura terciaria; Estructura cuaternaria.
Muy amplio. Ilustrado con preguntas y respuestas interactivas [requiere Java].

Estructura comentada y acompañada con modelos moleculares (N. Boxall, J. Tweedie, Massey Univ., Nueva Zelanda) [requiere Chime]:

Atlas de interacciones de cadenas laterales en proteínas (Laskowski, Luscombe & Moes, University College London)

Examen de estructura y función de proteínas, pH y pK  (Uniformed Services University)

Estructura secundaria (John Kirk): Dibujo animado de estructuras alfa y beta rotando.

Principios de estructura de proteínas usando internet (Birkbeck College): recopila material de varios autores y enlaces a páginas ajenas; bastante extenso. Estructura primaria; Geometría de las proteínas; Fuerzas moleculares y estructura de las proteínas; Estructura secundaria; Estructura terciaria; Estructura cuaternaria; Interacción entre proteínas.

Introducción a las proteínas (en The Molecules of Life, Univ. Oxford): para qué sirven, cómo se forman y cómo es su estructura.

ProTeach: curso de estructura de proteínas de Protein Society (emplea el programa Mage, que se puede descargar desde allí). El enlace ha dejado de funcionar.

Protein Spotlight: revista electrónica del grupo SWISS-PROT, Instituto Suizo de Bioinformática, acceso gratuito. Publica mensualemente un artículo sobre una proteína interesante, en clave informal. Parece una buena fuente para seminarios o trabajos.

Proteínas globulares y fibrosas (S.J. Perkins, Univ. Central London). Formatos PowerPoint y PDF

Colágeno

Colágeno, elastina, entrecruzamientos en ellos y prolina oxidasa (Joni Mäki, publicación electrónica de la Univ. de Oulu, Finlandia)


Ácidos nucleicos

su metabolismo

General

Estructura y función de los ácidos nucleicos; incluye ejercicios  (Aula Virtual, Univ. Murcia)

Examen de identificación de nucleótidos, con las moléculas en 2D o en 3D (para 3D se necesita el programa Chime).

Examen de ácidos nucleicos  (Uniformed Services University)

Bases, nucleósidos, nucleótidos y cadenas polinucleotídicas  (Biochemistry 3107, Martin E. Mulligan, Memorial University of Newfoundland, Canadá)

Introducción a los ácidos nucleicos (en The Molecules of Life, Univ. Oxford).

Centro del genoma humano en la web de Nature. Índice de los cromosomas secuenciados, artículos gratuitos, enlaces...

DNA

Artículo de Watson y Crick que proponía la estructura en doble hélice para el DNA (Nature, 1953):
Artículo original Reescrito en página web Traducción al español
Página especial en Nature.Com conmemorativa del 50º aniversario

Estructura del DNA (John Kirk): Aspectos básicos. Dibujo animado interactivo, en etapas. [requiere Flash]

Estructura de la molécula de DNA (Access Excellence). Aspectos históricos, figuras, prácticas, glosario.

DNA de la A a la Z: aplicaciones del DNA, biológicas, químicas y físicas, algunas casi en broma. También ordenadores basados en DNA, y puedes escribir un mensaje y enviarlo codificado por correo electrónico usando el código genético (un "DNAgrama"). (Tu mensaje se interpreta como una secuencia de aminoácidos y se traduce a la inversa con el código genético dando una secuencia de nucleótidos, que es la que se envía)

Estructura del B-DNA (Biochemistry 3107, Martin E. Mulligan, Memorial University of Newfoundland, Canadá)

Variaciones estructurales de DNA y RNA (Biochemistry 3107, Martin E. Mulligan, Memorial University of Newfoundland, Canadá) Tramos poli(A), palíndromos, horquillas, pseudonudos, cruciformes, A-DNA, Z-DNA, pares de basese de Hoogsteen, H-DNA.

Estructura del DNA (DNA from the beginning): Cómo se dedujo la estructura de la doble hélice. Presentación en etapas. [requiere Flash]. La molécula de DNA tiene forma de escalera retorcida. Modelo de Watson y Crick. Reglas de Chargaff. Difracción de rX.  Muy bueno
 

RNA

Página de Michael Zuker, dedicada principalmente al plegamiento del RNA (nivel avanzado, investigación). Termodinámica, software, bases de datos.

Estructura y función del tRNA (BioSci 99A) (Dr. H. Luecke, Univ. California Irvine)

Ribozimas

Estructuras de ribozimas en la base de datos NDB (archivos pdb y gif).

Ribozyme Jump Station: colección de enlaces relativos a las ribozimas.
 

Estructura y organización del material genético

Trabajo sobre la topoisomerasa I y su actividad proteína quinasa (Laurent Gauthier)

RNA topoisomerasa

Superenrollamiento y topoisomerasas (Biochemistry 3107, Martin E. Mulligan, Memorial University of Newfoundland, Canadá)
 


Enzimas

Cinética Enzimática en Imágenes (Rogelio Rodríguez-Sotres, Univ. Nacional Autónoma de México).

Problemas sobre enzimas (Rogelio Rodríguez-Sotres, Univ. Nacional Autónoma de México): documento pdf  [requiere Acrobat Reader]

Las enzimas: información básica (Rubén Hernández Gil, Univ. de Los Andes, Mérida, Venezuela)

Apuntes de enzimas y cinética enzimática (José Ramón Martín Solís, Depto. de Física, Univ. Carlos III de Madrid) [formato PDF]

Enzymes I and II: sitio web del libro virtual Concepts in Biochemistry, de R.Boyer (presentación de tipo diapositivas con las ideas clave del tema).

Ejercicios de Energía, Enzimas y Catálisis  (The Biology Project, Univ. Arizona). Ejercicios resueltos y comentados sobre las propiedades de las enzimas, las reacciones que catalizan, sus características termodinámicas, la inhibición de la acción enzimática; las cinéticas que siguen estas reacciones y sus representaciones gráficas.

Mini-curso de cinética enzimática en Thomas Jefferson Univ.

Nomenclatura de las enzimas (IUBMB): nombres recomendados y código EC.

Nomenclatura de enzimas (EMP Project): clasificadas por código EC; además del nombre recomendado, reacciones catalizadas, varios datos y referencias bibliográficas.

Búsqueda de enzimas en la base de datos EC, con enlaces a OMIM y SWISS-PROT (Dan Jacobson, Johns Hopkins University).

Enzyme Structures Database: estructuras conocidas existentes en la colección PDB, clasificadas según EC (University College London).

Bioquímica de las enzimas en el MIT's Biology Hypertextbook: Energía de las reacciones químicas; Mecanismos enzimáticos; Cinética enzimática de M-M; Inhibición; Problemas resueltos; Retroinhibición; Problemas resueltos. Problemas para practicar, con soluciones.

Enzyme Tutorials (BioG 101-104 Course, Cornell University) Pregunats autoevaluadas


Vitaminas

Vitaminas; incluye ejercicios  (Aula Virtual, Univ. Murcia)

Página web de Vitaminas de Univ. Miguel Hernández (Gines Rosa Bermejo y Juan Francisco Moreno Labanda)

Fórmulas de coenzimas en 2 y 3 dimensiones: ATP, CoA, FAD, NAD+, NADP+   (Karl J. Miller, George Washington Univ.)

Ejercicios de vitamina B12 y folato  (The Biology Project, Univ. Arizona). Ejercicios guiados que ayudan a estudiar la función de estas dos vitaminas, en qué reacciones intervienen; las consecuencias de su deficiencia, y las reacciones metabólicas en las que confluyen ambas estructuras.

Vitamina B1 (Glactone, Univ. Georgia):  Historia, Función bioquímica, Enfermedades por deficiencia, Estructuras, Bibliografía y Enlaces.



Metabolismo

Nociones generales del metabolismo (E. Villar, Univ. Salamanca)

Mapas metabólicos de Roche Molecular Biochemicals (antes Boehringer Mannheim) (versión digitalizada en el servidor ExPASy en Suiza):

Pág. principal y búsqueda por palabras clave.
"Biochemical Pathways - Metabolic Pathways"  Mapa con acceso por cuadrículas, a color, con enlace a la información de las enzimas. Organizado por rutas metabólicas.
"Biochemical Pathways - Cell and Molecular Processes" Mapa con acceso por cuadrículas, a color, con enlace a la información de las enzimas. Organizado por ubicación celular.
The Main Metabolic Pathways on Internet, de Pieter van Santen. Se puede descargar una versión para PC con capacidad de búsqueda de rutas, metabolitos y enzimas.

"HordeNet" Major Metabolic Pathways (Univ. Akron, EE.UU.)

Mapas metabólicos de KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes, en Kyoto Univ., Japón) (Hay réplica en Weizmann Institute of Science, Israel , pero no funciona bien): genéricos y específicos de distintos organismos. Se incluyen instrucciones de uso, búsqueda, enlaces a bases de datos...

EcoCyc/MetaCyc Pathway Tools (Encyclopedia of E. coli Genes and Metabolism & Metabolic Encyclopedia): Esquema general de todas las rutas metabólicas de Escherichia coli y otros organismos. Se puede pulsar en cada una para obtener información de la ruta, las enzimas, etc. También se puede buscar por proteína, ruta, reacción, compuesto o gen.

Biopsicología.Net: Rutas metabólicas relacionadas con la actividad cerebral.

Integración del metabolismo (KUMC Medical Biochemistry; Univ. of Kansas Medical Center) presentación en diapositivas-web

Búsqueda en rutas metabólicas (EMP Project)

Rutas metabólicas  (Biocarta): Descripción, esquema gráfico, hiperenlaces. Búsqueda de productos comerciales. Enlace a bases de datos moleculares. No sólo metabolismo, también rutas de transmisión de señal, interacciones moleculares...

Mapas metabólicos de Donald Nicholson e IUBMB (Metabolic mini-maps)


Bioenergética

Bioenergética   (Enrique Villar, Univ. Salamanca)

Aspectos básicos de oxidación - reducción  (Alfonso Martínez-Conde y Pilar Mayor, Univ.Complutense de Madrid)



Metabolismo de glúcidos en general  (más abajo, lo específico de cada ruta)

su estructura

Ejercicios de Metabolismo  (The Biology Project, Univ. Arizona). Ejercicios guiados sobre la degradación de glucosa vía glucólisis, tanto en condiciones aerobias como anaerobias, y ciclo de Krebs; la producción de las diferentes formas de energía química derivada de ambas vías y su acoplamiento con el transporte electrónico mitocondrial y la fosforilación oxidativa

Metabolismo de glúcidos (KUMC Medical Biochemistry; Univ. of Kansas Medical Center) presentación en diapositivas-web:
Glucólisis. Transporte electrónico y Fosforilación oxidativa. Ruta de las pentosas fosfato. Ciclo de los ácidos tricarboxílicos. Metabolismo del glucógeno. Glicoproteínas y proteoglicanos.


Glucólisis

Bioenergética, metabolismo glucídico y su regulación (Enrique Villar, Univ. Salamanca):
Digestión y absorción de glúcidos de la dieta
Glucólisis Regulación de la glucólisis
Entrada de otros monosacáridos


Glucólisis: Introducción, Diseña tu glucólisis, Glucólisis paso a paso. J. Maber, Univ. Leeds, U.K.

Diagrama con visión general y más detallada (Robert J. Huskey, Univ. de Virginia)

Esquema general; detalles, parte 1; detalles, parte 2  (Access Excellence)

Esquema de la ruta con enlaces a información de metabolitos y enzimas (Univ. de Indiana)

Reacciones y estructuras en 2 y 3 dimensiones (Karl J. Miller, George Washington Univ.). Valores de cambio de energía libre (G°') de cada reacción.

Glucólisis en modelos moleculares del Dr. William McClure (Molecular Models for Biochemistry, Carnegie Mellon Univ.). Requiere Chime.

Animación de la glucólisis (MicroWeb, BioMi290/91, Cornell Univ.) con énfasis en lo que le ocurre a las moléculas, tipo de reacción y balance energético [requiere Shockwave].

Glucólisis en esquemas animados (John Kirk, Cell Biology Animation) Muy vistoso y completo. Combina fórmulas, modelos, movimiento, balance energético. [requiere Flash]


Destinos del piruvato y fermentaciones

Fermentaciones láctica y alcohólica  (Enrique Villar, Univ. Salamanca)

Metabolismo anaeróbico del piruvato: fermentaciones láctica y alcohólica  (Access Excellence). Esquema gráfico de mabs rutas (figs. del libro de Alberts), se puede descargar pdf.

Animación de la fermentación (MicroWeb, BioMi290/91, Cornell Univ.) con énfasis en lo que le ocurre a las moléculas, tipo de reacción y balance energético [requiere Shockwave].


Ruta de las pentosas-fosfato

Estructuras en 2 y 3 dimensiones y reacciones  (Karl J. Miller, George Washington Univ.)

Esquema de la ruta (Hagai Ginsburg, Hebrew Univ.)

Mapa metabólico en Escherichia coli y en otros organismos (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes, en Weizmann Institute of Science)


Ciclo de Krebs, del ácido cítrico o de los ácidos tricarboxílicos

Ciclo del ácido cítrico y su regulación   (Enrique Villar, Univ. Salamanca)

Paso a paso, en forma de fichas: descripción, reacción y animación para cada etapa. (J. Maber, Univ. Leeds, U.K.)

Ciclo de Krebs con animación   (Robert J. Huskey, Univ. Virginia)

Esquema general del ciclo; detalles y reacciones: 1ª parte (reacciones 1-2) y 2ª parte (reacciones 3-8)   (Access Excellence)

Reacciones y estructuras en 2 y 3 dimensiones (Karl J. Miller, George Washington Univ.). Valores de cambio de energía libre (G°') de cada reacción.

Ciclo de Krebs en modelos moleculares del Dr. William McClure (Molecular Models for
Biochemistry, Carnegie Mellon Univ.). Requiere Chime.

Ciclo de Krebs en esquemas animados (John Kirk, Cell Biology Animation) Muy vistoso y completo. Combina fórmulas, modelos, movimiento, balance energético. [requiere Flash]


Transporte electrónico y Fosforilación oxidativa

Fosforilación oxidativa   (Enrique Villar, Univ. Salamanca)

Transporte electrónico  (Robert J. Huskey, Univ. Virginia)

Animación del transporte electrónico y la fosforilación oxidativa (MicroWeb, BioMi290/91, Cornell Univ.) [requiere Shockwave].

Fosforilación oxidativa    (Karl J. Miller, George Washington Univ.)

Mitocondria y transporte electrónico en esquemas animados (John Kirk, Cell Biology Animation) Muy vistoso y completo. [requiere Flash]


Gluconeogénesis

Reacciones y estructuras en 2 y 3 dimensiones (Karl J. Miller, George Washington Univ.). Valores de cambio de energía libre (G°') de cada reacción.

Metabolismo del glucógeno

Biosíntesis (glucogenogénesis), degradación (glucogenólisis) y su regulación   (Enrique Villar, Univ. Salamanca)

Biosíntesis del glucógeno y ruta de la galactosa; reacciones y estructuras en 2 y 3 dimensiones (Karl J. Miller, George Washington Univ.)

Metabolismo del glucógeno: introducción, síntesis, degradación y regulación de ambas, enfermedades del almacenamiento de glucógeno  (THCME Medical Biochemistry page, Michael W. King, Indiana Univ.). Muy completo, texto y figuras.

Ejercicios de Regulación del Metabolismo de Glúcidos (The Biology Project, Univ. Arizona). Ejercicios con solución y explicación sobre la regulación del metabolismo de hidratos de carbono por hormonas, insulina, adrenalina, etc. y con referencias específicas a algunos tejidos.


Fotosíntesis

Fosforilación fotosintética   (Enrique Villar, Univ. Salamanca)

Ciclo de Calvin   (Access Excellence)

Ejercicios de Fotosíntesis, 1ª parte (The Biology Project, Univ. Arizona). Ejercicios encaminados a la comprensión de la función de los fotosistemas en los cloroplastos; cómo a través de ellos la energía luminosa se transforma en energía red-ox y finalmente el transporte de los electrones de alta energía es capaz de generar energía química: NADPH y ATP

Ejercicios de Fotosíntesis, 2ª parte (The Biology Project, Univ. Arizona). Ejercicios, con solución y explicación, relacionados con el ciclo de Calvin y la síntesis de carbohidratos, plantas C4.

ausencia de O2en presencia de O2Animaciones de la fotosíntesis en ausencia y en presencia de oxígeno (MicroWeb, BioMi290/91, Cornell Univ.) [requiere Shockwave].

Fotosíntesis en esquemas animados (John Kirk, Cell Biology Animation) Muy vistoso y completo. Combina fórmulas, modelos, movimiento, balance energético. [requiere Flash]



Metabolismo de lípidos

su estructura

Lipoproteínas y su metabolismo.  (Tomás Valdés González)

Dislipidemias (Fernando Carrasco, Univ.de Chile). Presentación de PowerPoint.

Reacciones y estructuras en 2 y 3 dimensiones (Karl J. Miller, George Washington Univ.):

Metabolismo de los ácidos grasos  (NetBiochem,  Allegheny University of the Health Sciences and University of Utah). Muy completo; incluye regulación.

Metabolismo de lípidos (KUMC Medical Biochemistry; Univ. of Kansas Medical Center) (Bueno)Presentación en diapositivas-web:
Oxidación de ácidos grasos y cuerpos cetónicos. Síntesis de ácidos grasos. Metabolismo de glicerofosfolípidos y esfingolípidos. Utilización de triacilgliceroles. Alteraciones del metabolismode lípidos: obesidad y diabetes mellitus. Metabolismo del colesterol y otros poliisoprenos. Lipoproteínas plasmáticas. Aspectos bioquímicos de la enfermedad cardiovascular.



Metabolismo de aminoácidos

su estructura

Reacciones y estructuras en 2 y 3 dimensiones (Karl J. Miller, George Washington Univ.):

Metabolismo nitrogenado (KUMC Medical Biochemistry; Univ. of Kansas Medical Center) presentación en diapositivas-web



Metabolismo de proteínas

su estructura

Modificaciones postraduccionales en conjuto

BioSci 99A (Dr. H. Luecke, Univ. California Irvine):
lección nº 7: Procesamiento postraduccional. Modificaciones covalentes, modificaciones de la cadena lateral, glicosilación, procesamiento proteolítico, modificaciones no covalentes, plegamiento, carabinas, selenocisteína.
lección nº 8: Tráfico y dirección. Dirección en procariotas: secreción. Dirección en eucariotas: citoplasma, núcleo, mitocondria, lisosoma, ruta secretora, degradación dirigida de proteínas.
Modificaciones postraduccionales (THCME Medical Biochemistry Page, Michael W. King, Indiana State Univ.) Maduración proteolítica, Glicosilación, Dirección lisosomal de enzimas, Implicaciones clínicas de los defectos en la degradación de glicoproteínas, Acilación, Metilación, Fosforilación, Sulfatación, Prenilación, Modificaciones dependientes de vitaminas C y K.

Biochemistry 3107 (Martin E. Mulligan, Memorial University of Newfoundland, Canadá) Texto y figuras; recomendable:

Plegamiento, modificación, dirección y degradación.

Glicosilación

Glicosilación de proteínas (Christian Frosch, Univ. Mainz, Alemania): N-glicanos, estructura, biosíntesis, información adicional general sobre carbohidratos y glicoproteínas.

Páginas web de proteoglicanos y glicosaminoglicanos (Bob Lauder, Lancaster Univ, U.K.)

Defectos congénitos de glicosilación (Univ. Leuven, Bélgica)
 

Plegamiento

Grupo de Carabinas del Birkbeck College. Estructura tridimensional de las carabinas GroEL y GroES.

"Desentrañando el misterio del plegamiento de proteínas" (W.A. Thomasson, FASEB). Divulgativo; introducción con ejemplos de enfermedades. También en pdf .

Introducción al plegamiento de proteínas (en The Molecules of Life, Univ. Oxford)

Destino de proteínas

Transporte hacia y desde el núcleo (Virtual Biology; Seoulin Bioscience, Corea). Muy bueno. Explicaciones y animaciones[requiere Flash]

Degradación

Ubiquitina, Proteasoma y Señalosoma (Affiniti Research Products Limited).

Proteolisis dependiente de ubiquitina (Harvard Medical School). Desarrollo extenso del tema. Sitio complementario al libro de Peters, Harris y Finley. Incluye también estructuras moleculares, enlaces a bases de datos, a software, a sitios de proteasas y a revistas.


Metabolismo de ácidos nucleicos, nucleótidos y bases nitrogenadas

Metabolismo nitrogenado (KUMC Medical Biochemistry; Univ. of Kansas Medical Center) presentación en diapositivas-web:
Metabolismo de las purinas
Metabolismo de las pirimidinas


Transmisión de la información genética

Replicación, transcripción y traducción; incluye ejercicios  (Aula Virtual, Univ. Murcia)

Apuntes sobre Biología Molecular (Edgar Vázquez-Contreras, Univ. Autónoma de México).  Introducción; Descubrimiento del ADN; El ADN es el material genético universal; Los componentes del ADN; El ADN es una doble hélice; Estructura de los cromosomas; Replicación del ADN; Transcripción; Genoma humano; Traducción.

Animación del dogma central de la genética (MicroWeb, BioMi290/91, Cornell Univ.) [requiere Shockwave].
 


Replicación

Replicación del DNA (John Kirk): Aspectos básicos. Dibujo animado interactivo, en etapas. [requiere Flash]

Replicación  (Yvette Petty, New Century College at George Mason University): descripción y dibujo animado [requiere Shockwave]

John Kimball's Biology Pages: velocidad de replicación en pro- y eucariotas, control positivo y negativo.

Biochemistry 3107 (Martin E. Mulligan, Memorial University of Newfoundland, Canadá) Texto y figuras; recomendable:

Replicación
Enzimología de la síntesis de DNA
El proceso de replicación
Replicación eucariótica
Animación de la replicación, paso a paso (MicroWeb, BioMi290/91, Cornell Univ.): las etapas del proceso en procariotas [requiere Shockwave].

Telomere Club: Colección de recursos relativos a telómeros y telomerasa, de Toru M. Nakamura (Univ. Colorado)

DNA polymerase, molecule of the month (David S. Goodsell y Protein Data Bank) DNApol de Thermus aquaticus.


Transcripción

Interacción entre caja TATA, TBP y TFIID (Roolpi, Univ.Islas Baleares) [requiere Chime] Si estás en BioROM, está incluido aquí [sección Roolpi: Estructura de Biomoléculas: Otros: Estructura de la TBP]

Transcripción (John Kirk): Aspectos básicos. Dibujo animado interactivo, en etapas. [requiere Flash]

Transcripción  (Yvette Petty, New Century College at George Mason University): descripción y dibujo animado [requiere Shockwave]

Biochemistry 3107 (Martin E. Mulligan, Memorial University of Newfoundland, Canadá) Texto y figuras; recomendable:

Transcripción en bacterias: introducción
La RNA polimerasa bacteriana
El promotor bacteriano
El ciclo de transcripción en E. coli
Transcripción eucariótica
Proteínas ligantes de DNA
Síntesis de RNA (TCHME Medical Biochemistry Page, Michael W. King, Indiana State Univ.) Introducción; Tipos de RNA polimerasas; Mecanismo; Procesos de la transcripción.

Transcripción - Tutorials in Molecular Biology (University of California, Los Angeles). Presentación de tipo diapositiva con texto, dibujos y animaciones [requiere Shockwave].

Operón Lactosa - Tutorials in Molecular Biology(University of California, Los Angeles). Presentación de tipo diapositiva con texto, dibujos y animaciones [requiere Shockwave].

Operón Lactosa (curso Bio23, Tom Jack y Bob Gross, Dartmouth College, Hanover, NH, USA). Dibujo animado, requiere Quicktime. Si estás en BioROM, está incluido aquí [sección Biomodel: Esquemas animados]

TRANSFAC: Base de datos de Factores de Transcripción; clasificación (Research Group Bioinformatics, Bélgica). Especializado

Animación de la transcripción, paso a paso (MicroWeb, BioMi290/91, Cornell Univ.): las etapas del proceso en procariotas [requiere Shockwave].

RNA polymerase, molecule of the month (David S. Goodsell y Protein Data Bank) RNApol de levadura.

Transcripción inversa

Reverse transcriptase, molecule of the month (David S. Goodsell y Protein Data Bank)

Maduración postranscripcional

Biochemistry 3107 (Martin E. Mulligan, Memorial University of Newfoundland, Canadá) Texto y figuras; recomendable:
Intrones
Ayuste (corte y empalme)
Modificaciones del mRNA eucariótico. Edición de nucleótidos, Caperuza 5',Cola 3' poli(A); Eliminación o adición de nucleótidos en 5' o en 3'
Síntesis de RNA (TCHME Medical Biochemistry Page, Michael W. King, Indiana State Univ.) Procesamiento postranscripcionalde los RNAs; Ayuste del RNA; Trascendencia clínica del ayuste aberrante o alternativo.

Ayuste - Tutorials in Molecular Biology (University of California, Los Angeles). Presentación de tipo diapositiva con texto, dibujos y animaciones [requiere Shockwave].

Ayustosoma (Neuromuscular Disease Center, Washington University). snRNP componentes, papel funcional. Patologías asociadas. Dibujos animados de la actuación del ayustosoma.

Bioquímica del ayuste de los pre-mRNAs (ZYGOTE, a website for Developmental Biology, Scott Gilbert, Swarthmore College, Swarthmore, PA, USA).

Ayuste nuclear del pre-mRNA (curso Biology 115: Eukaryotic Molecular Biology, Grant Hartzog, Univ. California at Santa Cruz). Notas (formatos Word y pdf), película con el ensamblado del ayustosoma y su actuación sobre el RNA, película con el mecanismo de la reacción [requiere QuickTime]

The RNA modification database - a comprehensive listing of post-transcriptionally modified nucleosides from RNA.A total of 96 modified nucleosides for which structures have been assigned have been reported in RNA (81 are found in tRNA, 30 in rRNA, 12 in mRNA and 13 in other RNA species, most notably snRNA).
 


Traducción


El código genético en representación circular: diagrama del "sol naciente" (dentro de Biomodel). Si estás en BioROM, está incluido aquí [sección Biomodel: C.- Código Genético]

Variaciones del código genético en diversos organismos.

Traducción   (Yvette Petty, New Century College at George Mason University):

 
El código genético Iniciación, elongación y terminación Problema
Traducción (John Kirk): Aspectos básicos. Dibujo animado interactivo, en etapas. [requiere Flash]

BioSci 99A (Dr. H. Luecke, Univ. California Irvine):

lección nº 1: Dogma central y descifrado del código genético. Traducción, evidencia experimental para el descifrado del código.
lección nº 2: Estructura y función del tRNA. tRNA, aminoacil-tRNA sintetasas, balanceo.
lección nº 3: Ribosoma, rRNA y mRNA. Composición del ribosoma, vista general de la traducción, estructura tridimensional del ribosoma.
lección nº 4: Síntesis de polipéptidos I. Visión general, iniciación en procariotas y eucariotas.
lección nº 5: Síntesis de polipéptidos II. Elongación y terminación.
lección nº 6: Regulación de la traducción. Geometría de los factores de elongación procarióticos, velocidad y energética de la traducción, corrección de errores, regulación en procariotas y eucariotas, inhibición por antibióticos.
Biochemistry 3107 (Martin E. Mulligan, Memorial University of Newfoundland, Canadá) Texto y figuras; recomendable:
El código genético
tRNA y las hipótesis adaptadora y del balanceo
Ingredientes para la síntesis de proteínas. Aminoacil-tRNAs, Ribosomas, mRNA, Factores proteicos auxiliares, tRNA iniciador.
Las 9 etepas en la síntesis de proteínas. Iniciación, elongación, desensamblado, terminación, antibióticos. Traducción en eucariotas. Coordinación con la síntesis de mRNA.
Traducción - Tutorials in Molecular Biology (University of California, Los Angeles). Presentación de tipo diapositiva con texto, dibujos y animaciones [requiere Shockwave].

Progreso de la traducción (curso Bio23, Tom Jack y Bob Gross, Dartmouth College, Hanover, NH, USA). Avance del ribosoma sobre el mRNA, unión de factores proteicos y de tRNAs (procariotas). Dibujo animado, requiere Quicktime

Aminoacil-tRNA sintetasas. Artículo en Nucleic Acid Research, posiblemente el acceso esté limitado a suscriptores. Comentario sobre estas enzimas y la base de datos de sintetasas AARSDB.

Protein Synthesis: Seminar I-II (Wayne State Univ.). Interesante especialmente para los aspectos evolutivos en torno a las aminoacil-tRNA sintetasas.

Síntesis de proteínas (TCHME Medical Biochemistry Page, Michael W. King, Indiana State Univ.) Introducción, historia; Código genético; tRNAs; etapas; regulación.

Animación de la traducción, paso a paso (MicroWeb, BioMi290/91, Cornell Univ.): las etapas del proceso en procariotas [requiere Shockwave].


(La maduración postraduccional está en la sección Metabolismo de proteínas)


Temas especiales (seminarios, segundo ciclo...)

Alzheimer (enfermedad de)

Estructura e información de moléculas implicadas (en HotMolecBase, Weizmann Institute of Science, Israel): Tau (proteína asociada a microtúbulos), Presenilina 1 (PS1), Proteína precursora del amiloide (APP), Apolipoproteína E (ApoE), Proteína priónica (PrP). Estructura; Modificaciones postraduccionales; Expresión; Funciones en la célula; Metabolismo; Implicación en enfernedades; Anticuerpos monoclonales; Purificación; Manipulación; Modelos animales; Investigadores; Recuros en la web; Referencias.
 


Anticuerpos

Anticuerpo danzante: dibujo animado de la interacción de un anticuerpo con una superficie antigénica (Univ. Wisconsin). (Simple; en formatos MPEG y MOV).

Immunobiology - MCDB 133 (Duane W. Sears, Univ. of California Santa Barbara). Curso muy completo (utilizad el menú desplegable de la parte superior); entre otras cosas:

Estructura Tridimensional de Moléculas Immunológicas  [requiere Chime]


Apoptosis

Virtual Biology (Seoulin Bioscience, Corea):  Proceso de activación de la apoptosis. Muy bueno. Explicaciones y animaciones [requiere Flash]

John Kimball's Biology Pages: definición, mecanismos, relación con cáncer, SIDA y transplantes.

Apoptosis: danza de la muerte (Cells Alive). Imágenes al microscopio.

The Apoptopedia: glosario de términos relacionados con la apoptosis.

Upstate Biotechnology Apoptosis Pathways: figuras interactivas para investigar las rutas implicadas.

Calbiochem: póster (pdf).

Sitio web de apoptosis de Boehringer-Mannheim / Roche Molecular Biochemicals: póster y diagrama interactivo de las rutas, presentación en diapositivas (descargable), referencias, enlaces, datos de productos...

Muerte celular activa (Biology 458; Chris McBride, Canadá) Formas de muerte celular activa o programada: apoptosis, autofagia, desintegración no lisosómica, citoplásmica. Genes ced. Bcl-2. Caspasas. IAPs. Mitocondria.

Apoptosis, Radiosensitivity and the Cell Cycle (Dr. McKenna, Univ. Pennsylvania). Extenso, sólo texto.

Apoptosis inducida por glucocorticoides (John Moose y grupo del Dr. John Stevenson, Miami University, Oxford, OH, USA). Texto, figuras y animaciones [requieren QuickTime]. Receptor de glucocorticoides; Ruptura de las mitocondrias; Activación de caspasas. Enlaces.

Apoptosis en Cancer - an encyclopedic reference.


Bioética

Genética y Bioética: páginas del Profesor Juan Ramón Lacadena, Catedrático de Genética de la Univ. Complutense de Madrid

Sociedad Internacional de Bioética (SIBI)

Declaración Bioética de Gijón, 2000
Asociación Española de Bioética y Ética Médica (AEBI)

Cáncer

Estructura e información de la proteína oncosupresora p53 (en HotMolecBase, Weizmann Institute of Science, Israel). Estructura; Modificaciones postraduccionales; Expresión; Funciones en la célula; Metabolismo; Implicación en enfernedades; Anticuerpos monoclonales; Purificación; Manipulación; Modelos animales; Investigadores; Recuros en la web; Referencias.


"Chips" de DNA

Introducción básica a los chips de DNA; qué son, por qué son útiles (Snapshots of Science & Medicine, N.I.H.).

Ciclo celular y división celular

El Proyecto Biológico (Univ. Arizona) (Resumido) Lo básico del DNA. Ciclo celular y regulación. Mitosis, con una  animación [requiere QuickTime]. Problemas de autoevaluación.

 

 

Hipertextos de Biología (Univ. Nacional  del Nordeste, Rep. Argentina). Ciclo celular, mitosis, meiosis. Prolijo; con enlaces.

John Kimball's Biology Pages: etapas, control, proteína p53 , fase G0.

Virtual Biology (Seoulin Bioscience, Corea)  Muy bueno. Explicaciones y animaciones [requiere Flash]

Milestones in Cell Division (Nature WebFocus) Serie especial de artículos con los principales avances históricos en el tema. Acceso libre.


Citoesqueleto

Virtual Biology (Seoulin Bioscience, Corea).  Muy bueno. Explicaciones y animaciones [requiere Flash]


Comunicación intercelular

Tipos de comunicación entre células (Jordi Oliver, Univ. Islas Baleares)

Regulación neuroendocrina (Jordi Oliver, Univ. Islas Baleares)


Cristalografía de rayos X

Crystallography 101 (Bernhard Rupp, Lawrence Livermore Natiopnal Laboratory, USA) Curso de introducción, ilustra el proceso básico de determinación de la estructura de macromoléculas mediante cristalografía de rayos X.

Enfermedades moleculares

HotMolecBase (Weizmann Institute of Science, Israel): base de datos con estructura e información de moléculas con un papel crucial en diversas enfermedades. Estructura; Modificaciones postraduccionales; Expresión; Funciones en la célula; Metabolismo; Implicación en enfernedades; Anticuerpos monoclonales; Purificación; Manipulación; Modelos animales; Investigadores; Recuros en la web; Referencias.


Ensayos de unión ligando-receptor

Theory and Practice of Receptor Characterization and Drug Analysis: Curso de la Univ. of North Carolina at Chapel Hill. Muy completo.


Genoma mitocondrial

MITOMAP: base de datos del genoma mitochondrial humano. Secuencia, mapa, código genético, polimorfismos... ¡todo!


Mapas del genoma

Clonación posicional y mapeo de genes (KUMC Medical Biochemistry; Univ. of Kansas Medical Center): presentación en diapositivas-web o descarga de archivo PowerPoint


Mutación, Polimorfismo, Enfermedades genéticas

Genetics at Vanderbilt (Vanderbilt Genetic Institute):
Errores congénitos del metabolismo (Dr. Marshall Summar)

Human Genetic Toolbox:

Polimorfismos: definiciones breves y algunos enlaces
Análisis de ligamiento
Métodos de detección de mutaciones
OMIM(Online Mendelian Inheritance in Man): versión en red de la base de datos MIM de Victor A. McKusick. Catalogo mundial centralizado de genes humanos y sus desórdenes genéticos. Especializada

Bases moleculares de la enfermedad humana (KUMC Medical Biochemistry; Univ. of Kansas Medical Center) presentación en diapositivas-web o descarga del archivo PowerPoint:

Alelos, recombinación y ligamiento
Polimorfismos y RFLPs
Base molecular de las enfermedades genéticas


Priones

Los priones y su biología molecular (Carlos Sánchez Huertas, estudiante de la Univ. Valencia)

Estructura e información de la proteína priónica (en HotMolecBase, Weizmann Institute of Science, Israel). Estructura; Modificaciones postraduccionales; Expresión; Funciones en la célula; Metabolismo; Implicación en enfernedades; Anticuerpos monoclonales; Purificación; Manipulación; Modelos animales; Investigadores; Recuros en la web; Referencias.


Procesamiento del MHC (complejo mayor de histocompatibilidad)

Virtual Biology (Seoulin Bioscience, Corea).  Muy bueno. Explicaciones y animaciones [requiere Flash]


Proteasas

Prolysis: proteasas e inhibidores (portal en Université François Rabelais, Tours, Francia)


Proyecto Genoma Humano (PGH)

Guía del estudiante sobre el PGH (Departamento de Energía de los EE.UU.)

Información generaldel PGH en el Departamento de Energía de los EE.UU.
To Know Ourselves: Visión general del PGH  (en línea y descargable en pdf)
Vídeos comerciales sobre el PGH
Vídeos / animaciones en línea [requieren RealPlayer]. Destacables en particular:
The Human Genome Project - Exploring Our Molecular Selves. En inglés y en español (se ve con problemas). Réplica en Univ. de Alcalá, dentro de Biomodel.
The Secret of Our Lives. En inglés y en español (se ve con problemas).
How to Sequence a Genome. [requiere Flash].
Iniciación a la genética molecular (Primer on Molecular Genetics; Departamento de Energía de los EE.UU.). Folleto en formatos html en línea, html comprimido en zip o pdf.
"Genética Websites en Español" Páginas en español (bueno, más o menos ;-) ) de la web Human Genome Project Information. Enlaces a otras web.

PGH en el Centro Sanger(Reino Unido): cromosomas 1, 6, 9, 10, 11, 13, 20, 22, X.
lista de direcciones del PGH (StanfordHuman Genome Center)
Páginas de información de los cromosomas humanos(HUGO)
Celera Genomics Science
National Human Genome Research Institute (NHGRI)
Proyecto ELSI (implicaciones éticas, legales y sociales del PGH)
Mapa de los genes del genoma humano (NCBI / Science Genome maps) 1996 1998

Número especial de Science(16 feb. 2001)

 Proteómica

La proteómica(compañía Proteome Sciences)

Quimiotaxia

Virtual Biology(Seoulin Bioscience, Corea). En las bacterias. Muy bueno. Explicaciones y animaciones[requiere Flash]

Reloj biológico

Virtual Biology(Seoulin Bioscience, Corea). Muy bueno. Explicaciones y animaciones[requiere Flash]

Señalización celular

Signaling PAthway Database (SPAD): base de datos de rutas de señalización y transducción de señales.

Terapia génica

The Institute for Human Gene TherapyGeneral Information (Univ. Pennsylvania). Introducción a los conceptos generales e información de artículos al respecto en varias revistas.
 

Vacunas de DNA

Vacunas genéticas(D.B. Weiner y R.C. Kennedy, Scientific American 1999). Muy completo.
DNAvaccine.com (especializado). Lo más básico está en la sección preguntas y respuestas:.


Técnicas

Análisis de datos y estadística

Statistical Data Analysis (Hossein Arsham, University of Baltimore) Describe el análisis de series de tiempo, las distribuciones de datos y otros temas. Examina el uso de ordenadores en el análsiis de datos. Cita libros relacionados y enlaces a sitios web.

Guide to statistics and data analysis (LC·GC Europe Online Supplement) Una serie de 7 artículos, 4 teóricos y 3 ejemplos de aplicación. Combina bien un planteamiento introductorio con una cierta profundidad. Distribución, media, dispersión, análisis de varianza, regresión, calibración, valores erráticos, estadística robusta, métodos no paramétricos. (formato pdf).

Centrifugación

Centrifugación (Joaquín Rodríguez Pinilla). Principios físicos, ecuaciones, coeficiente de sedimentación; tipos; instrumentación. Centrifugación analítica. Centrifugación preparativa: diferencial, en gradiente, zonal, isopícnica. Gradientes: solutos, tipos. Aplicaciones.

Centrifugación a velocidad de sedimentación (curso Bio23, Tom Jack y Bob Gross, Dartmouth College, Hanover, NH, USA). Muestra de RNA sobre gradiente de sacarosa. Preparación experimental, desarrollo de la separación. Dibujo animado, requiere Quicktime. Si estás en BioROM, está incluido aquí [sección Biomodel, apdo.D (esquemas animados)]

Citometría de flujo

en español(Univ. de Lérida). Introducción (lo básico) y Manual con muchos detalles (para el que quiera ampliar). Presentación en diapositivas-web.en españolAplicación al estudio del ciclo celular

en españolDescripción general y aplicaciones (breve) (Dr. A.Gascón, Hospital «Obispo Polanco» de Teruel)

en español(CNB, Univ.Autónoma Madrid): Buen resumen

en francésPurificación de DNA y RNA (Univ.Paris VI) (en francés)

en inglésInvestiga un poco: ensayo de viabilidad celular LIVE/DEAD® de Molecular Probes: descripción, compendio de información (descripción, fundamento, datos del producto, fórmulas, espectros, fotos de ejemplo...)

FACS Laboratory (Cancer Research UK). Teoría y aplicaciones de la citometría.
 

Clonación de DNA y DNA recombinante

Biochem 4113 Recombinant DNA Lectures: Notas esquemáticas y enlaces.

Guía de Quiagen para la selección de reactivos de transfección (formato pdf).

Clonación: pasado, presente y excitante futuro: artículo introductorio y divulgativo, de FASEB Breakthroughs in Bioscience. Incluye historia. En línea y en pdf.

Molecular Medicine in Action: El ciclo de vida de un retrovirus (Busca la sección "Viral vectors" en el menú de la izquierda). Animación [requiere Flash]

Cromatografía

Separación e identificación de aminoácidos por cromatografía en capa fina. Guión (incluye fotos del proceso) de la práctica en el Departamento de Bioquímica, Biología Molecular (B) e Inmunología de la Universidad de Murcia.

Separación de biomoléculas por cromatografía de permeación en gel. Guión (incluye fotos del proceso) de la práctica en el Departamento de Bioquímica, Biología Molecular (B) e Inmunología de la Universidad de Murcia.

Cromatografía de exclusión, cribado molecular o filtración en gel (curso Bio23, Tom Jack y Bob Gross, Dartmouth College, Hanover, NH, USA). Mecanismo de separación, avance pr la columna, recolección de fracciones, perfil de elución. Dibujo animado, requiere Quicktime. Si estás en BioROM, está incluido aquí [sección Biomodel, apdo.D (esquemas animados)]

Cromatografía de afinidad (curso Bio23, Tom Jack y Bob Gross, Dartmouth College, Hanover, NH, USA). Mecanismo de separación, avance pr la columna, detección, perfil de elución. Dibujo animado, requiere Quicktime. Si estás en BioROM, está incluido aquí [sección Biomodel, apdo.D (esquemas animados)]

Dicroísmo circular (CD)

CDPro

Ettore (CD)
Circular Dichroism Deconvolution Home Page
Circular Dichroism Spectroscopy
Alliance Proteins Laboratory
PPS - Principles of Protein Structure
Rutgers Univ.

Difracción de rayos X

Estructura de macromoléculas virtual (J. Sancho, Univ. de Zaragoza)

Diálisis a equilibrio

Equilibrium dialysis
 

Electroforesis y técnicas inmunoquímicas

Electroforesis. Curso de Doctorado en la Univ. de La Laguna (Prof. Javier Corzo). Teoría, tipos, ...

Electroforesis de ácidos nucleicos en gel (curso Bio23, Tom Jack y Bob Gross, Dartmouth College, Hanover, NH, USA). Desarrollo de la electroforesis y calibración por tamaños. Dibujo animado, requiere Quicktime. Si estás en BioROM, está incluido aquí [sección Biomodel, apdo.D (esquemas animados)]

Molecular Biology Techniques Manual (Coyne, James, Reid y Rybicki, Univ. de Ciudad del Cabo, Sudáfrica) Bastante completo, sólo texto; incluye protocolo experimental:

Electroforesis SDS-PAGE
Transferencia Western
Técnica de inmunoabsorción
Obtención de anticuerpos monoespecíficos por afinidad
Electroforesis bidimensional de proteínas (Danish Centre for Human Genome Research). Bases de datos de imágenes de geles 2D. Procedimiento experimental para hacer la electroforesis, acompañado de fotos y películas.

Endonucleasas de restricción

Acción de EcoRI (Access Excellence)

REBASE: Base de datos de enzimas de restricción

Hibridación de ácidos nucleicos

Curvas de reasociación (curso Bio23, Tom Jack y Bob Gross, Dartmouth College, Hanover, NH, USA). Desnaturalización y renaturalización. Curvas Cot. Comparación entre DNA sencillo y DNA complejo (repetitivo). Dibujo animado, requiere Quicktime. Si estás en BioROM, está incluido aquí [sección Biomodel, apdo.D (esquemas animados)]

Detección de ácidos nucleicos por hibridación en Molecular Biology Techniques Manual (Coyne, James, Reid y Rybicki, Univ. de Ciudad del Cabo, Sudáfrica)

Hibridación in situ con fluorescencia (FISH)

Hibridación in situ con fluorescencia (FISH). Traducción en Biomodel de Cytogenetics Information Site (Dave McDonald) Si estás en BioROM, está incluido aquí [sección Biomodel, apdo.B (citogenética)]

Hibridación in situ con fluorescencia (FISH). DNA Biophysics Laboratory, Instituto Pasteur (Francia)

Microscopía

Microscopía: introducción, concepto y tipos. Óptica, de contraste de fases, de fluorescencia, electrónica de transmisión y de barrido (MicroWeb, BioMi290/91, Cornell Univ.).

PCR (reacción en cadena de la polimerasa)

Fundamento de PCR y RT-PCR, y posibles problemas en PCR (Roolpi, Univ.Islas Baleares) [requiere Shockwave y Flash] Si estás en BioROM, está incluido aquí.

Tutorials in Molecular Biology (University of California, Los Angeles). Presentación de tipo diapositiva con texto, dibujos y animaciones [requiere Shockwave].

PCR en Molecular Biology Techniques Manual (Coyne, James, Reid y Rybicki, Univ. de Ciudad del Cabo, Sudáfrica) Bastante completo, especializado.

PCR en LaTrobe University, Australia.

Andy Vierstraete (Univ. de Gante, Bélgica): Principio de la PCR, figuras y dibujo animado

BioGuide: información más especializada; variantes de PCR: "Hot-start", AP-PCR, RAPD-PCR, "Touchdown".

PCR Jump Station: colección de recursos y enlaces; casi todo sobre la PCR (página compleja, nivel avanzado)

Tavi's PCR protocols - PCR and multiplex PCR: guide and troubleshooting (O. Henegariu, Yale Univ.) Amplia, técnica.

PCR de Tabitha M. Powledge (FASEB Office of Public Affairs): extensa, sólo texto.
 

Purificación de proteínas

ProteinLab on web (Dr. Booth, Leeds Univ., U.K.) Práctica virtual, simulación de purificación de proteínas; corre en web [requiere Java]. A partir de varias mezclas prdefinidas, se propone la purificación de una enzima. Simula medida de actividad enzimática, electroforesis en 1 y 2 dimensiones, revelado de actividad enzimática y por Western, cromatografías de exclusión, intercambio iónico, interacción hidrofóbica y afinidad, isoelectroenfoque, precipitación con sulfato amónico, desnaturalización térmica, recolección de fracciones. Con guía de uso. ¡Genial!

Resonancia magnética nuclear (RMN, NMR)

Estructura de macromoléculas virtual (J. Sancho, Univ. de Zaragoza)
Principles of Protein Structure (PPS)
Univ. de Guelph (Ontario, Canadá)

Secuenciación de ácidos nucleicos

Tutorials in Molecular Biology (University of California, Los Angeles). Presentación de tipo diapositiva con texto, dibujos y animaciones [requiere Shockwave].

Andy Vierstraete (Univ. de Gante, Bélgica): Principio de la secuenciación didesoxi automática, figuras y dibujos animados.

Análisis de secuencia del DNA (KUMC Medical Biochemistry; Univ. of Kansas Medical Center): presentación en diapositivas-web o descarga de archivo PowerPoint

Técnicas de ingeniería genética (varias combinadas)

Genetic Engineering Techniques (Genetics- Collaborative Teaching; John Ellison & Dick Richardson, University of Texas and Texas A&M University). Notas de clase en formato diapositiva-web: Métodos de introducción del DNA recombinante; PCR; Secuenciación didesoxi; FISH; Huella dactilar de DNA, Muestras prehistóricas y forenses; Localización de genes; prubea de VIH.

Protocol Online (DoubleTwist.com) - sección Biología Molecular- DNA: Enlaces a artículos o procedimientos de extracción, cuantificación, electroforesis, manipulación enzimática, secuenciación, hibridación Southern, transformación de células, transfección, clonación, marcado, genotecas, oligos, mutagénesis y biochips. (También hay otras muchas secciones).

Véase también en la sección Libros Virutuales Protocols for Recombinant DNA Isolation, Cloning, and Sequencing

Varios

Macrogalleria (Univ. Southern Mississippi); traducción de .
Incluye Técnicas para el estudio de polímeros en "Haciendo hablar a los polímeros":  Espectroscopía de infrarrojos, Viscosidad, Cromatografía de exclusión molecular, Calorimetría de barrido diferencial, Espectroscopía RMN, Espectroscopía de masas.

Prácticas de laboratorio (Proyecto Biotech de la Univ. de Arizona): extracción de DNA de kiwi o cebolla, electroforesis en agarosa, huella dactilar, identificación de mutaciones, PCR, clonación en bacterias, análisis de restricción, cromatografía, electroforesis de proteínas, ELISA. Hay guiones para el alumno y para el profesor, se pueden descargar.
 
 


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